シーケンサー

• SOLiDというシーケンサーは 2 base に対してプローブが存在する
  • ”相補鎖の配列は、数値列を置換することなく、逆読みすればよいという特徴がある”
• の蛍光色の対応表がある
• この表がどのような規則かという問題
• まずはこの対応のもつ性質
  1. の写像（全射）である
  2. どの色も 対称律 を満たしている
     • 
  3. 青色は 反射律 を満足している
     • 
  4. ひとつ特徴として”相補的”だと思う
     • 
• では逆に の対応表を構成することを考える
  • 性質1は蛍光色が4つまでしか使えないが、4つは使うということ
    • 現実的な制約
  • 性質2,3,4のどれが重要か
    • まず性質2と4（反射律と相補）を満たすものは

...........（図１）

• • ここに性質1の４色という条件を加えると

...........（図２）

• • • 上の2通りが考えられる
    • （それぞれの色が写像（関数）となるという条件も入っている）
• "相補鎖の配列は、数値列を置換することなく、逆読みすればよいという特徴がある" はおそらくこの２通りどちらも満たすのではないか？と予想する
• では実際の配色(上の２つの左側の方)にするためには性質3などさらなる条件を入れる必要がある
  • 性質3. 青色は反射律をみたす
  • その他の条件でもいいわけだが、何かこの表が無二のものであるとする条件があるのだろうか
    • なにかの変換に対して不変とか？？

xlim<-ylim<-c(-1,6)
x<-c(1,1,1,1,2,2,2,2,3,3,3,3,4,4,4,4)
y<-c(1,2,3,4,1,2,3,4,1,2,3,4,1,2,3,4)
u<-c(0,0,0,0,1,2,3,4)
v<-c(1,2,3,4,5,5,5,5)

v1<-c(2,7,3,4,7,2,4,3,3,4,2,7,4,3,7,2)
w<-c("T","G","C","A","A","C","G","T")
plot(x,y,pch=16,col=v1,cex=9,xlim=xlim,ylim=ylim,main="plot 1",frame=FALSE,xaxt="n",yaxt="n",xlab="",ylab="")
par(new=TRUE)
plot(u,v,pch=w,col=1,cex=5,xlim=xlim,ylim=ylim,main="",frame=FALSE,xaxt="n",yaxt="n",xlab="",ylab="")


v2<-c(2,7,3,4,7,4,2,3,3,2,4,7,4,3,7,2)
plot(x,y,pch=16,col=v2,cex=9,xlim=xlim,ylim=ylim,main="plot 2",frame=FALSE,xaxt="n",yaxt="n",xlab="",ylab="")
par(new=TRUE)
plot(u,v,pch=w,col=1,cex=5,xlim=xlim,ylim=ylim,main="",frame=FALSE,xaxt="n",yaxt="n",xlab="",ylab="")

• プロットについてはこちらを参考に