最近考えてきたモデル（1, 2, 3）で気になること コメントで指摘していただいていることも含めて考える まだ空間を考えていない 結合する分子を選ぶルールに関するものでは 衝突する分子の数：結合しているものと結合していなものが競合するかどうか 衝突す…

多分子の結合解離のモデルのつづき ソースは "時間dt ごとに 1回衝突する" というルールを表すように書いた なので " 時間 k * dt ごとに k 回 衝突する" というルールも基本的には同じになるはず ただし M<-min(floor(Nfree/2),Mmax) #衝突の回数 という部…

きのうのつづき もともとは反応速度が濃度に比例するかどうかを微視的に再現できるかどうか このソースが表す現象は"dtごとに1回結合が起きる"ということ dtが小さいと結合している分子の割合がふえる 結合時間が長いと結合している分子の割合がふえる 結合…

反応拡散系の前にまずは反応のみを考える よく混ざっている小さな領域内での分子の動きを想定してみる ルール 多数の分子の結合と解離（2分子だけのモデル） 結合していない分子のなかから2分子選んで結合する（二者間の取引モデルから） 結合時間を指数分布…

こちらの続き 曖昧なので前提が間違っているかもしれないがとりあえずメモ 2塩基に対する色づけ 色づけ規則を一つ目の塩基から次の塩基へ変換する操作とみなす はじめの塩基がAだとすると なので であり、 となっている 操作の全体が可換群となっている ある…

SOLiDというシーケンサーは 2 base に対してプローブが存在する ”相補鎖の配列は、数値列を置換することなく、逆読みすればよいという特徴がある” の蛍光色の対応表がある この表がどのような規則かという問題 まずはこの対応のもつ性質 の写像（全射）であ…

この記事の2.数学的な扱い方に忠実なモデル 原子崩壊の過程 崩壊していない原子数 の時の原子数 崩壊時間の確率分布 一つ一つの原子 X[i] が崩壊する時刻を乱数 (rexp) で与える 残存している原子数 sum(X > t[i]) の経時変化をプロットする 赤い線は期待値 …

コドンについての章（この章の記事） コドン表が出来上がる以前のgeneとa.a.の対応のさせ方 3塩基のコドン64種類 と a.a. 20種類 対称性の有無などで 20 種類に分けるいろいろなアイディアあった 輪読会では パズル的な考察はなしにして実際のコドン表につい…

このときの議論では二者間取引の話題からタンパク質の相互作用の話に至った ２分子の結合と解離のみが起きるモデル ルール 結合時間の分布を与える time.distribution 結合する分子を決める 今回は2分子しか存在していないことにする 結合（持続）時間を決め…

組換えについて Topology of evolutionary biology の28,30,31,32 transit function, P-structure