拡散の係数kの値を自由に与える 昨日の記事の係数(k1,..,k4)を各点で与える行列を作る Nx<-30 Ny<-30 Nt<-30 U<-tempU<-matrix(0,Nx,Ny) U[10:20,10:20]<-1 k1<-matrix(0.2,Nx-1,Ny) k2<-matrix(0.2,Nx,Ny-1) k3<-k4<-matrix(0.1,Nx-1,Ny-1) k1[1:ceiling(Nx…

昨日の記事ではタテヨコ方向で移動がある ナナメ方向はどうすればいか 比例定数(k)を1/2倍してナナメ方向に移動させる ムービーは”タテヨコ”の移動による拡散と”ナナメ”による拡散を交互にかきだしたもの ”タテヨコ”と”ナナメ”と同時に移動させる場合は比例…

こちらでは拡散する方向はxとy方向に限られている ナナメ方向にも移動する項を考えたい 拡散のシンプルなシミュレーションから考え直して、斜め方向を考慮することにする まずはそのシンプルな拡散 Nx<-30 Ny<-30 Nt<-30 U<-tempU<-matrix(0,Nx,Ny) U[5:10,5…

rglで色をつける 範囲を超えると白 ただし白色でプロットされるので奥が見えるわけではない x<-40 y<-40 z<-40 A<-array(1:x*y*z,c(x,y,z)) A[1:30,1:30,10:40]<-max(A)+1 #library(rgl) plot3d(slice.index(A,1),slice.index(A,2),slice.index(A,3),col=rai…

こちらから cwDiff(日本語版)1.0.2 をインストール ふたつの文章の比較をするソフト

こちらを見て自分でも書いてみたのでメモ t<-seq(0,600,by=0.001) r<-0.7 T1<-1 T2<-1*r w1<-2*pi/T1 w2<-2*pi/T2 theta<-w1*t phi<-w2*t r1<-2 r2<-1 x<-r1*cos(theta)+r2*cos(theta)*cos(phi) y<-r1*sin(theta)+r2*sin(theta)*cos(phi) z<-r2*sin(phi) #li…

a. パッケージをビルドする 準備:Windows UNIX, Mac では必要なし 1. Rインストール 2. 英語の設定に直す edit > GUI preference > Language for menus and message > save > OK 3. R tools インストール, system path設定 ここまででコマンドプロンプトから…

RでTeXスクリプトを書くのが目的 styファイルへのパスを通す その前に styファイルがどこにあるかをTeXが記録しているls-Rファイルというのを作る TeX Wikiやこちら sudo mktexlsr 実行 ~ $ sudo mktexlsr Password: mktexlsr: Updating /usr/local/texlive/…

日本発のライフイノベーションに必要な戦略 文部科学副大臣 鈴木 寛 先生 内閣官房 医療イノベーション推進室 社会的背景 ライフイノベーションのパラダイム medical turism：整備は必要だが、根幹はあくまで医療 政策 政策はscience research や "evidence …

ImageJでマクロをくむ こちらの記事にあるように コマンドレコーダーを使うとGUI上の操作をテキストに記録してくれる マクロの組み方 Plugins > Macros > Recorder GUI上で操作 Create Save As でマクロのフォルダにテキストで保存 マクロの実行 Plugins > M…

fuguのページからFugu-1.2.0-English.dmgをダウンロード、インストール 右上のイメージは同じページから 語彙として FTP

シェルスクリプトの入門 echoやcatについて ターミナルからシェルスクリプトの実行 ./shellscript.sh

ファイルへ場所を指定してアクセスすることをランダムアクセスとよぶらしい ランダムアクセスについてのこちら そこでfseek()関数を使う fseek(fp,0,SEEK_SET) 第２引数を0にして、先頭へ移動 この例ではファイルの頭へ移動する

cでのファイル操作 基本はこちらに書いた ファイルを開くときのモードにバイナリモードを指定する こちらにあるように b を追加する bを追加しないとテキストモードで開かれる fp = fopen("ファイル名","rb") バイナリモードを指定する理由についてはこちら…

RでTeXスクリプトを書くのが目的 こちらでTeXのプリアンプルの準備が整った コメントで調べていただいたように、バックスラッシュの問題は地道に書き直すことにして このときのようにUNIX上でRとTeX処理を試みる test.Rnwというファイルに対してシェル上で e…

cでのファイル操作 こちらを参照 1. まずファイルを開く FILE* fp fp = fopen("ファイル名", "モード") 2. 読み込むとき fscanf(fp, ) 3. 書き出すとき fprintf(fp, ) 4. 最後にファイルを閉じる fclose(fp) これらを使ってファイルの書き出し "w"モードでフ…

こちらでRでTeXスクリプトを書くことを学ぼうと思ったもののうまくいかず（こちら）、昨日（こちらやこちらで）エンコーディングをShift JISに直したので、本題のヘッダーの整理をすることにする 今Rで書き出したファイルがあって、LaTeX処理するときエラー…

英語以外の外国語で変音のときにいろいろな記号が使われる こちらやこちら てふが文字や演算子を組み合わせて数式を書くように、漢字を組み合わせて書くソフトってあるんだろうか

拡散方程式のシミュレーション 昨日のものとほとんど同じにみえるが 一部修正 移動項の中身を修正 境界条件の計算方法を違う方法でかくほうがいいのだろうか パラメータ（cやnu）にdxやdyの値をかけて補正がきくようにしたい ムービ−はDirichlet条件で値０に…

拡散方程式のシミュレーション 昨日の記事と同じベクトル場を用意する 境界からの流出入をなくす ソースのなかで (i != 1)や(i != Nx)の論理値 をかけることで境界では流出入が0になる 総量の保存について 初期条件によることであるが t=0 で36、 t=300 で 3…

拡散方程式のシミュレーション 昨日の記事に移動項を付け加える 拡散と移動項による変化 このときのCは移動項が入っている その他の項についてはこちらで考えている 移動項について ベクトル場にそって移動するようにする ベクトル場の情報はarray Vに入れて…

拡散のシミュレーション こちらでスケーリングを考え、こちらでNeumann条件を考えた ２次元でのスケーリングがどうなるかを考えようとして 今まで近傍8マスで計算してきた 今回は斜め方向の移動をなくしてみる ななめ方向をなくすと x,yが独立になるようだ x…

組換えの計算をしていて このときに3lociの確率を計算した その時のソースは必要でない部分も含まれていたので今回省いた 以下のパラメータも自由に決めることにする ローカスの数： 各ローカスに存在するアレル数： 各ローカス間の組換え確率： 計算方法 ２…

Macで不可視ファイルをFinderで表示させるとき コマンドラインで次のように入力 defaults write com.apple.finder AppleShowAllFiles true さらにFinderを再起動させる killall Finder 設定を元に戻すときは次のようにするらしい defaults write com.apple.f…

このときのつづきで ディプロタイプからどんなハプロタイプが作られるか、その生成確率を求める rがその生成確率 最後の確率の計算を行列で一気に計算するように直せるだろうか ソースが正確かどうかまだ確かめていない 間違っているので修正が必要 修正した…

こちらを見ていて 高次元で状態空間などを考えてみようと思った 高次元をグラフにするのは難しいが、３次元+時間 なら今までも少し書いているのでできるはずと思って関係ないが書いてみた ３次元空間×半径の大きさ×時間 Rのslice.index()で元の情報を取り出…

拡散をシミュレーションしていて こちらやこちらでNeumann条件になっていなかった 境界でゼロフラックスになるようにする 端からの流出が起きないようにする そのため流入の起こるマスを制限する 計算過程で流入の起こるマスの数も数えておく ソースの中のk…

ランダムウォークによる拡散現象について スケーリングについて こちらの記事を正確に 下の教科書p.23 1次元ランダムウォーク 空間と時間は離散的に考えることにして の整数倍 の格子点上 の整数倍 の時刻 移動の確率は 確率でからへ 確率でからへ 存在確率…