遺伝学
SOLiDというシーケンサーは 2 base に対してプローブが存在する ”相補鎖の配列は、数値列を置換することなく、逆読みすればよいという特徴がある” の蛍光色の対応表がある この表がどのような規則かという問題 まずはこの対応のもつ性質 の写像（全射）であ…
コドンについての章（この章の記事） コドン表が出来上がる以前のgeneとa.a.の対応のさせ方 3塩基のコドン64種類 と a.a. 20種類 対称性の有無などで 20 種類に分けるいろいろなアイディアあった 輪読会では パズル的な考察はなしにして実際のコドン表につい…
この章の記事一覧 全12章あるうちで、英語版と日本語版で最初と最後の章（1章と12章）が逆になっている マット返しの群論 "返す"操作全体についての考察 マットの状態 3次元の直方体での場合：4種類 3次元立方体：24通り N次元：？ マットの返し方 ロール(R)…
組換えの計算をしていて このときに3lociの確率を計算した その時のソースは必要でない部分も含まれていたので今回省いた 以下のパラメータも自由に決めることにする ローカスの数： 各ローカスに存在するアレル数： 各ローカス間の組換え確率： 計算方法 ２…
このときのつづきで ディプロタイプからどんなハプロタイプが作られるか、その生成確率を求める rがその生成確率 最後の確率の計算を行列で一気に計算するように直せるだろうか ソースが正確かどうかまだ確かめていない 間違っているので修正が必要 修正した…
拡散と同時に浮動項や生成項を考えていた 先に必要そうな項を考えることにすると以下のようになるだろうか 時間変化： 拡散： 流れ： 生成： 消滅： 浮動： ただし係数が定数でなければ上の形まで単純にならないので注意
反応拡散系を参考に 単純化して ハプロタイプA,Bがあって 組換えによってA,B,C,Dができる可能性があるとする すると 係数（ハプロタイプの生成確率） を用いて となるだろう ここで として 拡散定数、 は係数行列 とした はベクトルとして考える のところが…
遺伝的浮動について こちらとこちらから この日をたよりに浮動の項をどう扱うかを考えたことなどをまとめておく 変数などをまとめておくと 総アレル数、アレルAの数、現在のアレル頻度、次世代のアレル頻度、アレルの面積密度、アレルAの面積密度 これらの変…
拡散と浮動についてどのような関係になっているか 浮動がある 保存則はあてはまらない そもそも浮動はアレルの消失によるもの なので連続の式が成り立たないから保存則が成り立たない 仮定 ローカス数は１、アレルはAとaの２種類（でなくてもよい） 空間内（…
遺伝的浮動について 遺伝的浮動はランダムな要素 (Wiki) 以前本に書いてあるモデルをみた ここでは浮動は配偶子が選択をうけてアレルが消滅することによる 遺伝統計学の基礎―Rによる遺伝因子解析・遺伝子機能解析―作者: 山田亮出版社/メーカー: オーム社発売…
きのうの続き 仮定の条件を弱める ２倍体の頻度を計算するときにHWEを仮定していた HWDにする つまり２倍体の存在頻度に偏りをもたせる そのためにHWDというarrayを作る これは 0と1 でできたarray HWDをDにかけることで特定のディプロタイプが存在しないよ…
こちらとこちらの考察をふまえて 組換えによってハプロタイプにおいて連鎖平衡に近づく様子をみてみることに このときも時系列を考えていた 方法は以前のarrayを使ったもの こちらにあるようにarray D の計算は変更してある 同じくこちらとほとんど一緒のこ…
昨日のメモ修正 コメントをいただいて ハプロタイプとディプロタイプと別の問題があるのがはっきり認識できていなかった 同時分布を考えないといけないこと 周辺分布 vs 同時分布 連鎖不平衡 ハプロタイプで 各ローカスのアレル頻度 複数ローカスにわたるア…
気づいたことのメモ 組換えを考えていて.... 2ローカスのハプロタイプから出発して ローカス数を増やすことを考えていた 係数行列はこの方針でも計算できるだろう ２倍体の頻度からハプロタイプの頻度を計算するarray C のところ ただし２倍体、ハプロタイプ…
2ローカスはこちらとこちら 3ローカス以上がまだできていない とくに多次元のarrayが。(その２の記事) ローカスを増やしたときの組換え率を考えようとして １本の染色体上 塩基数がN 1塩基あたりの組換えが起きる確率をs こうすると1回の組換えが起きる確率…
遺伝的浮動 以前の記事はこちら 世代が進むにつれ注目しているアレルがドリフト・アウトする、あるいは、固定する確率が高くなる 推移行列から500ステップ推移行列を作ってみる アレル頻度が0または1になる確率がどちらも直線に近づくのが分かる 最初のアレ…
こちらの改良版 コメントにいただいたようにハプロタイプをベクトルの要素にするとわかりにくいので行列にすることに やはり２ローカス 改良点はハプロタイプを行列表記にしたこと 行列とarrayで計算する 仮定など（前回と文字が異なる） 染色体は１本 N1,N2…
同じ染色体上の2ローカス間の組換えのシミュレーション それぞれのローカスに存在するアレル数は一般化してある 仮定など 染色体は１本 アレルの存在するローカスは２カ所 アレルの本数は一般: N1, N2 はじめのallotypeの存在確率の分布: p 世代: T 組換え率…
遺伝統計学の基礎―Rによる遺伝因子解析・遺伝子機能解析―作者: 山田亮出版社/メーカー: オーム社発売日: 2010/09/04メディア: 単行本（ソフトカバー）購入: 7人 クリック: 155回この商品を含むブログ (38件) を見る こちらのブログの内容をまとめた上の本参…
