2011-01-01から1年間の記事一覧

ローレンツアトラクタ

ローレンツ方程式(Wiki) 位相次元 フラクタル次元 フラクタル次元の中に、情報次元、ボックスカウント次元、ハウスドルフ次元、レニー次元などの定義があるらしい # ローレンツ方程式 p<-10 r<-28 b<-8/3 f<-function(x,y,z){-p*x+p*y} g<-function(x,y,z)…

数値計算

非線形連立方程式 解の数値計算の方法 こちら のpdf より となるように を選ぶとすると、2次より高次の項を無視すると を得る を繰り返し計算する 以前の rootSolve の記事 f<-function(x,y){(x-3)^2+y^2-3} g<-function(x,y){sin(x)+exp(y-1)-1} # fx<-func…

Solving Equation on the Computer

Solving Equation on the Computer と こちら のコメントで教えていただいた数値計算について 数値計算 Euler's method Improved Euler method Runge-Kutta method その他(Wiki) について Euler's method Improved Euler method 2点の傾きの平均をとる Run…

場の成分の計算

ポテンシャルから場を計算する こちら の2.7 にもポテンシャルがでてくる つまりは一階偏微分係数を求める Nx<-10 Ny<-10 V<-matrix((1:(Nx*Ny))^2,Nx,Ny,byrow=T) V_x<-matrix(0,Nx,Ny) V_x[c(-1,-Nx),]<-(V[c(-1,-2),]-V[c(-(Nx-1),-Nx),])/2 V_x[1,]<-V[2…

拡散

3次元の場合 は次のように表されている については以下の関係も得られる このとき を次のように変形できる たとえば のときの を計算してみると などとなっている

Flows on the Line

2. Flows on the Line 2.0 Introduction 2.1 A Geometric Way of Thinking 2.2 Fixed Points and Stability 2.3 Population Grouth 2.4 Linear Stability Analysis 2.5 Existence and Uniqueness 2.6 Impossibility of Oscillations 2.7 Potentials 2.8 Solv…

力学の教科書

Nonlinear Dynamics And Chaos: With Applications To Physics, Biology, Chemistry, And Engineering (Studies in Nonlinearity)作者: Steven H. Strogatz出版社/メーカー: CRC Press発売日: 2001/01/15メディア: ペーパーバック購入: 2人 クリック: 46回こ…

拡散

メモ 3次元はこちらへ について のとき のとき ここで がでてくるわけでキョリは関係ない? 偏微分係数の計算にナナメのマスを使っているだけ さらに については に限らず以下のように与える その上で として をもう片方の係数とするべきだろう ここで と が…

存在から発展へ

こちら のつづき 反応拡散方程式 下を解として代入する(固定端) ここで どちらも同じ が使われていることに注意しておく 次式が得られる について地道に解いてみる( と考える) 図5.5 をみるかぎりでは 8 くらいの値になるはずであるが大きくずれてしまっ…

バッチモードでRを動かす

R

こちら に書き方が乗っている コマンドライン引数も使える 以下のスクリプトは "arg.R" を読み込んで "arg.txt" に書き出す 0,1,2,a,b,c をコマンドライン引数として与えてみる /* シェルスクリプト */ #!/bin/sh R --vanilla --slave --args < arg.R > arg.…

スタイル

R

こちら の記事に書いてあったので同じように設定の変更をさせていただいた 画面のスクロールの設定

分岐

存在から発展へ p120 パラメータBの値をかえたときの挙動 定常状態になるまで時間がかかる ほど計算させる必要がある 領域の大きさの影響もないとは言い切れない 以下のソースは図 5.10 の領域内で計算するもの 本では での計算 () 図 5.11 のような回転解…

時間を閉じる

こちら のコメントから 時間的に閉じるとはどういうかとか 空間の閉じた・開いたについては 空間内外の間で量のやり取りのないとき 閉じた系 空間内外の間で量のやり取りがあれば 開いた系 時間的に閉じるとしたら? ある時刻と別の時刻との間で量の移動がな…

分岐:ブリュッセレータ

こちら から p120の図5.7 中心部にちいさな揺らぎを与えてその後の時間発展をみる 空間の大きさに影響を受けるようで、半径 の円の中だけでシミュレーションしてみたが、円柱対称な波が非常に小さく、平面の様になってしまう ほどの大きさで計算しておいて …

分岐:ブリュッセレータ

存在から発展へ こちら のつづき p119-p120 拡散係数を補正する処理を入れる p121 図5.6 拡散係数 とシミュレーションする空間 の境界の計算も修正 中心部に小さな揺らぎをあたえる はじめ全体が振動するがやがて対称性の破れた定常状態となる がともに奇数…

ブリュッセレータの分岐

存在から発展へ きのうの記事 のつづき p119 2次元でブリュッセレータに拡散があるモデル こちら の反応を こちら の場合のように2次元で考える おそらく1マスの大きさによって拡散係数は変わってくうと思うので、本に出てくる図と同じになる条件を探索中 拡…

分岐:ブリュッセレーター

存在から発展へ こちら のつづき p116 ブリュッセレーターに拡散を考慮したもの として p117 の定常状態が得られる 下のソースは定常状態にはならずに波をうつ ムービーを参照 p118ページ相当 と思われる A<-2 B<-6 X0<-A Y0<-B/A L<-1 dr<-0.01 Nr<-floor(L…

誤差の大きさ

対称性の破れた構造を作り出すための条件を探す 初期値に 0,001 ほどの揺らぎを与えると構造が出現するというような値が出た 逆にこれ以下の誤差でははじめにいったような構造がでないことを確かめる しかし、シミュレーション幅 dt を小さくすると、必要な…

物質の交換

存在から発展へ こちら の続き p107-p108 物質の移動があるモデル 箱を2つ用意してそれぞれの箱の中はブリュッセレーターと同じ挙動を示す 2つの箱の間で物質の移動がある が臨界値以上 定常解からずらしてみる p108のようなグラフにならず、リミットサイク…

ブリュッセレーター

こちら のつづき リミットサイクル リミットサイクルになる条件 library(rgl) A<-0.5 B<-2 X0<-A Y0<-B/A dt<-0.1 T<-30 Nt<-T/dt M<-matrix(0,3,Nt+1) N<-c() f1<-function(X){ y<- A+X[1]^2*X[2]-B*X[1]-X[1] return(y) } f2<-function(X){ y<- B*X[1]-X[1…

化学反応

存在から発展へ p104 解が安定なものの例 それぞれの反応式の反応係数を として 定常解は 定常解の周辺に無数の周期的な軌道が存在する リミットサイクル ブリュッセレーター 定常解は 下のソースは一点に収束する リミットサイクルの条件にしたのは こちら A…

第11章 アイデンティティーの危機

R

「ベッドルームで群論を」の最終回 同じかどうかの概念 equal: 等しい identity: 同一 the same :同じ 同じことの判定可能性 実無限と可能無限についてこちらやこちら この違いよくわかっていない その他の話題 こちらのブログにも出てくるがこの章の最初…

氷の結晶

メモ p90 温度とエネルギー準位の関係 各エネルギー準位の見いだされる確率 雪の結晶の写真が紹介されている 雪の結晶の構造は 温度による各エネルギー準位の確率の変化 各エネルギー準位に支配される、局所の結晶構造(分子の結合の仕方)の変化 以上による…

第10章 第3の基数

R

予習の記事はこちら ある数 が与えられたときの最適な位取り記数法を求める 一般化して各位が全て同じ基数とは限らないとしておく :各位の位取りの基数をおさめた数列 まずの最適な要素数 を求める を固定するたびに の条件のもとで を最小にするを求める …

第10章 第3の基数

R

予習 当日の記事はこちら p232 "スクエアフリーな数"についてこちらを参照 は平方数で割り切れる "スクエアフリー" は と同値 p240 トゥエのアルゴリズム 実際計算させてみると数が大きくなると桁落ちしてしまうのでアルゴリズムが本来の目的から外れた挙動…

トーラス状組織

こちらのコメントから 2次元以外の場合を考える 3次元の点の集合でも同じように計算したのが以下のソース この前の平面とこちらの3次元を合わせた方法 高次元はRのarrayの次元を増やすことで対応できそうである 一方でグラフの場合がまだできていない 今回…

組換えの繰り返し

組換えは必ず2つの親アレルから間の子のアレルが生まれる こちらのbetweenness ハプロタイプどうしのキョリをどう考えるかということはまた別の話として、この"間の子"を軸に考える ある着目するアレルをもつハプロタイプが集団の中で組み替えをおこし、この…

組織

こちらの記事の"規則から規則"をコメントでいただいた階層性として考えてみる こちらのコメントならば同じDNA(関数)をもつ多細胞生物の組織化 階層性 タンパク、細胞、組織 組織の現象(波の伝達)を考える タンパクの動態は無視するが、細胞の挙動は仮定…

第9章 名前をつける

R

今回はハッシュ関数の処理内容の話 新しい名前の探し方との類似性から 今回も"アルゴリズム"として正しいかどうかを気にする 集合や論理では問題にならない以下のことなど サンプリングできるかどうか サンプルがある条件を満たすかどうか判定できるか 新た…

生命とは何か

メモ 生命とは何か:シュレディンガー 第7章 「秩序から秩序へ」と「無秩序から秩序へ」 生物の染色体1倍体( or 2倍体):非周期性個体 物理のあつかう数にくらべれば細胞数は100万分の1程度の数しかない 多細胞は同じ染色体をもって集合体となっている フラ…