2分子の結合と解離のモデル

• このときの議論では二者間取引の話題からタンパク質の相互作用の話に至った
• ２分子の結合と解離のみが起きるモデル
  • 
• ルール
  • 結合時間の分布を与える
    • time.distribution
  • 結合する分子を決める
    • 今回は2分子しか存在していないことにする
  • 結合（持続）時間を決める
    • binding.duration を乱数を用いて決定する
  • 結合している時間、数を数える
    • 結合している：
    • 結合していない：

T<-10  #シミュレーション時間
Nt<-1000  #計算ステップの回数
dt<-T/Nt

#結合時間の分布
time.distribution<-function(x){
	if(x<5){
	y<-exp(-x)
	}else{y<-0}
	return(y)
	}
t<-seq(0,2,length=101)
v<-c()
for(i in 1:length(t)){
	v[i]<-time.distribution(t[i])
	}
plot(v)

#シミュレーション
t<-0
bind<-0
Bind<-c(bind)
for(nt in 1:Nt){
	if(bind==0){
	r<-runif(1,min=0,max=20)
	binding.duration<-time.distribution(r)
		if(binding.duration==0){
			bind<-0
		}else{
		t.end<-t+binding.duration
		bind<-1
		}
	}else{
		if(t<=t.end){
		bind<-1
		}else{
		bind<-0
		}
	}
	t<-t+dt
	Bind<-c(Bind,bind)
}
plot(Bind,xlab="time",ylab="binding")