組換えは必ず2つの親アレルから間の子のアレルが生まれる こちらのbetweenness ハプロタイプどうしのキョリをどう考えるかということはまた別の話として、この"間の子"を軸に考える ある着目するアレルをもつハプロタイプが集団の中で組み替えをおこし、この…

組換えについて Topology of evolutionary biology の28,30,31,32 transit function, P-structure

N <- 10 L <- 4 poly<-c() for(i in 1:L){poly[i]<-sample(2:4,1)} A<-array(0,c(2,L,N)) for(n in 1:N){ for(i in 1:2){ for(l in 1:L){ A[i,l,n]<-sample(1:poly[l],1) }}} #A[,,N] while(N < 100){ hap1<-hap2<-c() select<-sample(1:N,2) for(l in 1:L){…

こちらから 多価函数についてWikiから こちらの記事はPlanetMath版 hemicontinuity（Wiki） 対応 (correspondence) 値域(range) : 1. upper hemicontinuity upper hemicontinuous at Closed graph thorem（Math world） 2. Lower hemicontinuity

ベッドルームの群論から （亜群） 確率や分布などの定量性ではなく、そもそも組換えの性質について この記事の組換え則は多価関数である Nローカスある場合は 1つのの元 に対し 個の の元が対応する 多価関数について hemicontinuityがここに出ていて、semic…

組換えの計算をしていて このときに3lociの確率を計算した その時のソースは必要でない部分も含まれていたので今回省いた 以下のパラメータも自由に決めることにする ローカスの数： 各ローカスに存在するアレル数： 各ローカス間の組換え確率： 計算方法 ２…

このときのつづきで ディプロタイプからどんなハプロタイプが作られるか、その生成確率を求める rがその生成確率 最後の確率の計算を行列で一気に計算するように直せるだろうか ソースが正確かどうかまだ確かめていない 間違っているので修正が必要 修正した…

反応拡散系を参考に 単純化して ハプロタイプA,Bがあって 組換えによってA,B,C,Dができる可能性があるとする すると 係数（ハプロタイプの生成確率） を用いて となるだろう ここで として 拡散定数、 は係数行列 とした はベクトルとして考える のところが…

遺伝的浮動について 遺伝的浮動はランダムな要素 (Wiki) 以前本に書いてあるモデルをみた ここでは浮動は配偶子が選択をうけてアレルが消滅することによる 遺伝統計学の基礎―Rによる遺伝因子解析・遺伝子機能解析―作者: 山田亮出版社/メーカー: オーム社発売…

きのうの続き 仮定の条件を弱める ２倍体の頻度を計算するときにHWEを仮定していた HWDにする つまり２倍体の存在頻度に偏りをもたせる そのためにHWDというarrayを作る これは 0と1 でできたarray HWDをDにかけることで特定のディプロタイプが存在しないよ…

こちらとこちらの考察をふまえて 組換えによってハプロタイプにおいて連鎖平衡に近づく様子をみてみることに このときも時系列を考えていた 方法は以前のarrayを使ったもの こちらにあるようにarray D の計算は変更してある 同じくこちらとほとんど一緒のこ…

昨日のメモ修正 コメントをいただいて ハプロタイプとディプロタイプと別の問題があるのがはっきり認識できていなかった 同時分布を考えないといけないこと 周辺分布 vs 同時分布 連鎖不平衡 ハプロタイプで 各ローカスのアレル頻度 複数ローカスにわたるア…

気づいたことのメモ 組換えを考えていて.... 2ローカスのハプロタイプから出発して ローカス数を増やすことを考えていた 係数行列はこの方針でも計算できるだろう ２倍体の頻度からハプロタイプの頻度を計算するarray C のところ ただし２倍体、ハプロタイプ…

2ローカスはこちらとこちら 3ローカス以上がまだできていない とくに多次元のarrayが。(その２の記事) ローカスを増やしたときの組換え率を考えようとして １本の染色体上 塩基数がN 1塩基あたりの組換えが起きる確率をs こうすると1回の組換えが起きる確率…

こちらの改良版 コメントにいただいたようにハプロタイプをベクトルの要素にするとわかりにくいので行列にすることに やはり２ローカス 改良点はハプロタイプを行列表記にしたこと 行列とarrayで計算する 仮定など（前回と文字が異なる） 染色体は１本 N1,N2…

同じ染色体上の2ローカス間の組換えのシミュレーション それぞれのローカスに存在するアレル数は一般化してある 仮定など 染色体は１本 アレルの存在するローカスは２カ所 アレルの本数は一般: N1, N2 はじめのallotypeの存在確率の分布: p 世代: T 組換え率…