n進法の a を10進法の b に直すよう計算する ２進法 n<-c(2,2,2,2,2) a<-c(0,0,1,0,1) v<-c(1,cumprod(n[-L])) b<-sum(a*rev(v)) n;a;b 一般の場合 Nmax<-10 L<-5 n<-sample(1:Nmax,L) a<-c() for(l in 1:L){ a[l]<-sample(0:(n[l]-1),1) } v<-rev(c(1,cumpr…

こちらから フリーマーケットモデルの計算では貧富の差が増幅される傾向がある 不連続な分布に収束するようである ミクロの相互作用の中身によっては連続→不連続な方向への発展も作れるようだ 包含関係による半順序 こちらのハッセ図 こちらの中の論文にも似…

富の分布を考える 今回考えるモデル 個体数 一定 個体は富をもつ 富の総量 一定 財産はゼロまたは正の量 取引 二者間に対して取引が行われる 取引によって富の移動がする 同時に複数の取引は行われない 二者の選び方はランダムということにしておく あとは …

放射線治療計画 照射範囲(TV: target volume)の決めかた GTV(Gross Target Volume):肉眼的なターゲットの領域 CTV(Clinical Target Volume):臨床的な領域（肉眼では見えていないところ） ITV(Internal Target Volume):呼吸などの動きを考慮 PTV(Planning Tar…

"rootSolve"の中の multiroot() 多元の連立方程式の解（のベクトル）を返してくれる library(rootSolve) model <- function(x) c(F1= x[1] + x[2] + x[3]^2 - 12, F2= x[1]^2 - x[2] + x[3] - 2, F3= 2 * x[1] - x[2]^2 + x[3] - 1 ) (ss<-multiroot(model,c…

こちらで連立方程式の解を求めたい パッケージ"rootSolve" の中の uniroot.all() で解を出す この uniroot.all() はパッケージ"base" の中の uniroot() 関数を使っている uniroot()の中身の一部 val <- .Internal(zeroin2(function(arg) f(arg, ...), lower,…

こちらやこちらでフラクタルに色をつけてみた Look-up table を使ってこちらのように領域の持つ情報を可視化すると理解の助けになりそう

昨日は４次元のデータを色の次元をかりてプロットした ということで、こちらの多次元ギャスケットにも色を加えてみる これがフラクタルの色彩？ library(rgl) library(MCMCpack) N<-5 M<-50000 #library(sphere) #N-1次元空間に均等にN本の単位ベクトルを配…

昨日の続きで 正方形(N=4)で書こうとすると平面にしか見えない この点の集合がただの平面かどうかを見極める 点Pが点Qに移動するとしてその対応関係を図示する グラフは以下のようにプロット X軸：点PのX座標 Y軸：点PのY座標 Z軸：点QのX座標 色：点QのY座…

本でシェルピンスキーのギャスケットのことが書いてあったのでRで書いてみた 確率的な書き方をしている ルール（正三角形について） 正三角形ABCをとる ΔABC内に点Pをとる Pを以下のように移動させる サイコロをふって 1 or 2 なら A と P の中点に移動する …

修正したのはこちらへ 昨日の続き 3dで拡散させて、値の大きさを色で表す こちらにZ軸を付け加える ただし以下の書き方はナナメ方向には移動していない ドーナツはこの日のセミナーで library(rgl) Nx<-30 Ny<-30 Nz<-30 Nt<-30 R<-10 U<-array(0,c(Nx,Ny,Nz…

４次元データをプロットしたい このときは3次元空間+半径の大きさ 形があるもののときは半径ではなく色で表現したい ３元の座標+色 色の指定の仕方についてこちら この記事では白く抜けているところは抜けているわけではなく"白色"で塗ってある状態 "白色"で…

rglで色をつける 範囲を超えると白 ただし白色でプロットされるので奥が見えるわけではない x<-40 y<-40 z<-40 A<-array(1:x*y*z,c(x,y,z)) A[1:30,1:30,10:40]<-max(A)+1 #library(rgl) plot3d(slice.index(A,1),slice.index(A,2),slice.index(A,3),col=rai…

こちらを見て自分でも書いてみたのでメモ t<-seq(0,600,by=0.001) r<-0.7 T1<-1 T2<-1*r w1<-2*pi/T1 w2<-2*pi/T2 theta<-w1*t phi<-w2*t r1<-2 r2<-1 x<-r1*cos(theta)+r2*cos(theta)*cos(phi) y<-r1*sin(theta)+r2*sin(theta)*cos(phi) z<-r2*sin(phi) #li…

a. パッケージをビルドする 準備:Windows UNIX, Mac では必要なし 1. Rインストール 2. 英語の設定に直す edit > GUI preference > Language for menus and message > save > OK 3. R tools インストール, system path設定 ここまででコマンドプロンプトから…

RでTeXスクリプトを書くのが目的 styファイルへのパスを通す その前に styファイルがどこにあるかをTeXが記録しているls-Rファイルというのを作る TeX Wikiやこちら sudo mktexlsr 実行 ~ $ sudo mktexlsr Password: mktexlsr: Updating /usr/local/texlive/…

RでTeXスクリプトを書くのが目的 こちらでTeXのプリアンプルの準備が整った コメントで調べていただいたように、バックスラッシュの問題は地道に書き直すことにして このときのようにUNIX上でRとTeX処理を試みる test.Rnwというファイルに対してシェル上で e…

こちらでRでTeXスクリプトを書くことを学ぼうと思ったもののうまくいかず（こちら）、昨日（こちらやこちらで）エンコーディングをShift JISに直したので、本題のヘッダーの整理をすることにする 今Rで書き出したファイルがあって、LaTeX処理するときエラー…

拡散のシミュレーション こちらでスケーリングを考え、こちらでNeumann条件を考えた ２次元でのスケーリングがどうなるかを考えようとして 今まで近傍8マスで計算してきた 今回は斜め方向の移動をなくしてみる ななめ方向をなくすと x,yが独立になるようだ x…

こちらを見ていて 高次元で状態空間などを考えてみようと思った 高次元をグラフにするのは難しいが、３次元+時間 なら今までも少し書いているのでできるはずと思って関係ないが書いてみた ３次元空間×半径の大きさ×時間 Rのslice.index()で元の情報を取り出…

参考にさせていただくためリンクをはらせていただきました フラクタル 微積やフラクタル 一連の記事（1、2、3、4）

こちらのつづきで こちらから R-2.12.0.pkg をインストール 再度チャレンジするも... 警告： unable to access index for repository http://cran.md.tsukuba.ac.jp/bin/macosx/leopard/contrib/2.12 アクセスできないとのこと YFによると Rのプロキシ(?)とP…

こちらで行列の階乗の計算を以下の方法で計算している library(expm) %^% 最近Rをしょっちゅう強制終了している 今回も"Rパッケージインストーラー"で"一覧を取得"を押すと動かなくなったので詳細はまた今度することにして強制終了。 [R.app GUI 1.34 (5589)…

昨日のつづき（こちら） 昨日は独立の運動 今回は次ステップが周囲の状況に依存する いくつか入れてみたいパラメータも書いてみた 局所ルールが全体にどれだけ影響するか 組織的な形、動きとなるかどうか N<-40 M<-40 T<-30 C<-B<-A<-matrix(0,N,M) for (i i…

ImageJというソフト（ImageJ）（Wiki） アニメーションを作ってみた こちらを参考にRでファイルを書き出す 中心に集中していた点がランダムに動いて散らばっていく様子 #NかけM行列 時間T N<-30 M<-30 T<-50 B<-A<-matrix(0,N,M) A[N/2,M/2]<-200 #最初の分…

こちらの改良版 コメントにいただいたようにハプロタイプをベクトルの要素にするとわかりにくいので行列にすることに やはり２ローカス 改良点はハプロタイプを行列表記にしたこと 行列とarrayで計算する 仮定など（前回と文字が異なる） 染色体は１本 N1,N2…

こちらの記事を参考に Rで図の上に線を書く segments() ヘルプの記事はこちら 線が書けるということでフラクタルな樹を書いてみた #コメントのあるところの数字をかえると形がかわる a<-c(0,0) b<-c(0,1) s<-pi/4 #右の枝の角度 t<--pi/4*0.6 #左の枝の角度 r…

同じ染色体上の2ローカス間の組換えのシミュレーション それぞれのローカスに存在するアレル数は一般化してある 仮定など 染色体は１本 アレルの存在するローカスは２カ所 アレルの本数は一般: N1, N2 はじめのallotypeの存在確率の分布: p 世代: T 組換え率…

persp()とplot3d() persp()は行列を引数にして表示するのに便利 一方パッケージrglのplot3d()は角度が変えられるのでわかりやすい plot3d()では(x,y,z)の対応さえあっていればよいので、それぞれがベクトルであっても行列であっても形が同じならばよい persp…

２変数鵜関数の3dプロット x,y,zの値を書き出さないといけないのだが 陽関数であっても(x,y,z)の対応が保たれるよう（x,y）の集合を作らないといけない library(rgl) #関数を定義 f <- function(x,y){ x^2-y^2 } n1<- 0:30/10 #x座標の集合 n2<- -20:20/10 #…